Mit der Gründung der Universität im Jahre 1409 setzt auch die historische Überlieferung ein. In unterschiedlicher Dichte und Breite spiegeln sich der Aufstieg der Universität nach der Reformation, in der Aufklärung, in der Zeit der Universitätsreform von 1830 bis hin zum Höhepunkt in der ersten Hälfte unseres Jahrhunderts wider: als Beispiel seien die Fächer Physik, Mathematik, Psychologie, Theologie, Rechtswissenschaften, Sprachwissenschaften und Geschichte genannt. Besonders die älteren Quellen sind gut erschlossen.
Im Jahre 1539 legte der Rektor Caspar Borner mit Einführung der Reformation an der Universität Leipzig ein Kopialbuch an, in dem in alphabetischer Folge alle überlieferten Schriftstücke von 1409 an verzeichnet sind. Sicherheitshalber schrieb er wenige Jahre später das Kopialbuch noch einmal ab und verwendete hierfür erstmals die Bezeichnung archivum. Borners Nachfolger führten die Indices weiter, aber als Friedrich Zarncke 1857 seine urkundlichen Quellen herausgab, war ein Großteil der seinerzeit verzeichneten Stücke nicht mehr auffindbar. Eine weitere wichtige Quelle aus der Frühzeit ist der Rationarius fisci, den Borner nicht dem archivum, sondern folgerichtig dem Fiscus zuordnete, dabei handelte es sich vor allem um kurze Rechnungsunterlagen, teilweise aus der päpstlichen Kanzlei. Das Buch umfaßt etwa 180 Blätter, setzt 1410 mit dem Rektorat von Vincenc Grüner ein und endet 1591 mit dem Rektorat von Christian Meurer. Dieser Rationarius fisci, aber auch die Universitätsmatrikel von 1409 bis 1863 und die Statutenbücher, waren während des 2. Weltkrieges ausgelagert und kamen erst 1959 im Zuge der Rückführung von Kultur- und Kunstgütern aus der ehemaligen Sowjetunion an ihren alten Standort zurück.Im Unterschied zu den Urkunden blieben die Akten der Universität weithin unbeachtet. Sie fanden weder im Großen noch im Kleinen Fürstenkolleg noch in der universitätseigenen Paulinerkirche einen festen Platz. Als 1825 die Finanzverwaltung der Universität an den Staat überging und das staatliche Rentamt für das Rektoratsarchiv verantwortlich wurde, veranlasste der damalige Kreisdirektor und spätere Kultusminister Paul von Falkenstein eine Neuordnung. Jedoch verwaltete der Universitätssekretär Böttger das Archiv äußerst ungenügend. Die Repertorien wurden nicht weitergeführt, die Akten blieben ungeheftet, und wilde, heute kaum noch rekonstruierbare Kassationen führten zu beträchtlichen Verlusten. Erst nach 1870 erfolgte dann eine wirkliche Aufarbeitung. Die Akten des Rektorats und des akademischen Senats wurden in drei Repertorien erfasst; Verfassungssachen, Institute und Studienangelegenheiten, Stiftungen und Stipendien. Diese Repertorien wurden 1947 abgeschlossen, wie 1945 bereits die Überlieferung des Universitätsrentamtes. All diese Bestände bilden aber noch heute den Grundstock des Archivs.
Neben dem Rektoratsarchiv gab es bis zur Universitätsreform 1830 die Archive der Nationen und Fakultäten.
Neben dem Rektoratsarchiv gab es bis zur Universitätsreform 1830 die Archive der Nationen und Fakultäten. Die scholastische Verfassung hatte Lehrer und Studenten in vier Nationen aufgeteilt, die meißnische, sächsische, bayerische und polnische, und außerdem den Lehrkörper in vier Fakultäten. Die Archive der Nationen wurden nach 1830 dem Archiv des Rektors zugeordnet; schon damals handelte es sich nur noch um Relikte. Zarncke vermutete 1857 private Veruntreuungen, „denn ich kann nicht glauben“, schrieb er, „daß die teilweise ziemlich umfangreichen Archive der Nationen so ganz spurlos verschwunden sind“. Die Unterlagen der theologischen und der juristischen Fakultät sind 1943 fast vollständig verbrannt und in der medizinischen sind erhebliche Verluste zu beklagen.
Das Universitätsarchiv besitzt eine Sammlung von Nachlässen, die im engen Zusammenhang mit der Handschriftenabteilung der Universitätsbibliothek gesehen werden muss. Bis 1978 war die Bibliothek die einzige Stelle, in der Nachlässe, Nachlassteile oder Autographen von Gelehrten systematisch erworben und erschlossen worden sind. Von den fast 170 Nachlässen im Universitätsarchiv heben sich hervor der des Psychologen Wilhelm Wundt, der des Indologen Johannes Hertel, der des Nationalökomen und Begründers der Publizistik an der Universität Karl Bücher. Der Nachlass des Juristen Erwin Jacobi, der des Chemikers Wilhelm Treibs und der des evangelischen Theologen Johannes Herz. An bedeutenden Neuerwerbungen erhielten wir in letzter Zeit unter anderem die Nachlässe des Historikers Herbert Grundmann und des Philosophen und Pädagogen Theodor Litt. Seit Ende 1989 stand das Universitätsarchiv vor neuen Aufgaben. Es hatte das Registraturgut der evaluierten Institute, Sektionen und Teile der Fakultäten sicherzustellen. Das gleiche sollte mit dem Schriftgut der abgewickelten außeruniversitären wissenschaftlichen Einrichtungen geschehen. Den Bestand der Deutschen Hochschule für Körperkultur und Sport mit ca. 500 laufenden Metern an Akten hat es übernommen, ebenso die Archive der Handelshochschule (der ältesten ihrer Art) und der Pädagogischen Hochschule. Universitätsgeschichte ist, wie wir wissen, fast immer auch Personengeschichte, die sich letztendlich in der Überlieferung des Archivs widerspiegelt.
Summarisch seien einige berühmte Namen aus neuerer Zeit erwähnt: für die Geschichte Karl Lamprecht, Erich Brandenburg, die Münchner Manfred Hellmann, Hermann Heimpel und Herbert Grundmann, weiter Rudolf Kötzschke, Walter Schlesinger, Helmut Kretzschmar; für die Sprachwissenschaften August Leskien, Karl Friedrich Brugmann, Wilhelm Streitberg, der von München nach Leipzig kam, und Theodor Frings; für die Jurisprudenz Theodor Mommsen, Adolf Wach, Emil Friedberg, Karl Binding, Rudolf Sohm, Helmut de Boor, Eberhard Schmidt, einer der Väter des Grundgesetzes, und Erwin Jacobi, für die Theologie und Kirchengeschichte Rudolf Kittel, Albert Hauck, Heinrich Arthur Böhmer und Albrecht Alt.
Für die Mathematik Moritz Wilhelm Drobisch, Felix Klein, Otto Hölder, Leon Lichtenstein, Bartel van der Waerden; für die Chemie Wilhelm Ostwald, Max Le Blanc und Karl Friedrich Bonhoeffer; für die Physik im 19. Jahrhundert Wilhelm Weber, dann von der Jahrhundertwende an Ludwig Boltzmann, später Otto Wiener, Theodor Des Coudres, Peter Debye und Werner Heisenberg, der in gewisser Weise diese Reihe abschließt. Er hat zwischen 1927 und 1942 an der Universität Leipzig gelehrt und die moderne theoretische Physik mitgestaltet.